Nachdem das Eichsfeld nun 1555 auch offiziell, nach Mainzer Befehl, katholisch geworden war, dauerte es aber noch knapp 20 Jahre, bis letztendlich die Gegenreformation, als Antwort auf Luther, Müntzer und Co. einsetzte. 1574 wurde Erzbischof Daniel Brendel von Homburg gemeinsam mit zuerst zwei, später insgesamt fünf Jesuitenpatres und dem Auftrag einer Schulgründung nach Heiligenstadt geschickt. Die Jesuiten sind ein streng gläubiger und papsttreuer katholischer Männerorden. Im August 1575 erging von ihnen auch der Auftrag, an den Stadtrat, ein geeignetes Grundstück für ein Schulhaus, auf kurfürstliche Kosten, zu finden. Dieser beeilte sich und noch im selben Jahr wurde mit den Bauarbeiten, in der Marktstraße, begonnen. Bemerkenswert ist, dass der Unterricht bereits in der Errichtungsphase startete. 1575 erst mit zwei Klassen, ein Jahr später nunmehr mit drei Gruppen. Am 9.5.1581 war es dann endlich soweit und das neu geschaffene Gebäude wurde feierlich eröffnet und eine vierte Klasse zeitgleich eingeführt. Das Gymnasium etablierte sich in den nächsten Jahrzehnten und wurde zu einer festen Institution, wobei der humanistische Charakter schon früh Merkmal der Erziehung hier war.