Nachdem die Jesuiten nun vertrieben waren, stand man, auf Mainzer Seite, vor den Fragen, wie es mit beiden Gebäuden nun weitergeht und woher man eine Alternative für das wegfallende hochangesehene Gymnasium bekommt. Man beschloss das ursprüngliche Schulgebäude zeitweilig als geistliches Kommissariat zu nutzen und anschließend in den Privatbesitz zu überführen. Aus ihm entstand dann die Gastwirtschaft „Deutsches Haus“, welche heute leider nicht mehr existiert. Die Wiedereröffnung der neuen Schule hingegen fand vier Monate nach der Tragödie um die Jesuiten statt. Als Standort wurde jetzt das alte Kollegiengebäude genutzt, was sich bis 1929 auch nicht änderte. Gegenwärtig beheimatet es unser wunderschönes Eichsfeldmuseum. Gewidmet wurde die Bildungseinrichtung untertänigst dem amtierenden Mainzer Kurfürsten und Erzbischof Emmerich Joseph von Breidbach-Bürresheim mit Namen „Kurfürstlich Emmericianisches Gymnasium“ oder auch kurz bezeichnet als Emmericianum. Als Lehrer wurden sieben Geistliche eingestellt, darunter auch drei ehemalige  jesuitische Ordensbrüder, sowie der spätere Geschichtsschreiber des Eichsfelds Johann Wolf, der bereits vorher schon an der Schule lehrte und Zeuge der Vertreibung war. 1797 kam unser Namenspatron Johann Georg Lingemann als Lehrer für Mathematik und Physik an das Gymnasium, welches er später noch erheblich prägen sollte. Bis 1805 behielt die Einrichtung  ihren Namen. In diesen Jahren erfolgte auch der Wechsel zum neuen Kurs, der bis zur Hälfte des 20.Jahrhunderts beibehalten wurde. Das ehemalige Jesuitengymnasium wurde zur Konfessionsschule, an der streng nach katholischem Glauben gelehrt wurde. Lediglich der Schwerpunkt auf humanistischen Fächern und den „alten Sprachen“ Latein, Griechisch und Hebräisch blieb erhalten.